本发明公开了一种膜污染仿真模拟分析方法，借助于Materials Studio软件聚合物模块功能，通过搭建经典聚合物膜、无机膜等膜材料模型，无机、有机、胶体、微生物等常规污染物模型，经过系统计算、优化，确定最终的最优化模型，并以此为基础构建针对不同水体溶液的计算界面模型。同时，结合分子力学、动力学方法对设计的运行基础环境非周期性体系以及膜材料、污染物等周期性体系进行可靠的结构优化和能量计算，并调控运行参数，得到长期运行下膜表面参数，分子构型参数，相互作用参数，水体溶液组分等一系列二维、三维结果参数。该膜污染仿真模拟分析方法可针对不同水体和不同膜做各种类型模拟，方法灵活、简单、新颖。