本实用新型提供的全海深微生物核酸原位提取装置，当原位提取装置随着深海平台下潜至深海后，通过海水泵的作业，将大量海水注入滤膜腔完成微生物富集过滤，海水中的微生物被过滤到滤膜上，完成过滤作业后，打开深海蠕动泵，裂解液被注入滤膜腔，静止一段时间后，滤膜上的微生物细胞裂解，细胞内核酸溶解到裂解液中，打开三通电磁换向阀，将含有核酸的裂解液注入到吸附柱上，在深海原位完成微生物及幼虫核酸DNA及RNA吸附提取，与现有技术比较，深海原位提取的核酸信息避免温度、压力等环境变化对核酸信息的影响，也避免了试验室提取过程的污染，还原了样品原位环境下的状态，最真实的保留了深海微生物的基因表达信息，为后续的组学分析提供宝贵的样品。