本发明提供一种全海深原位探测装置控制系统，所述探测装置包括探测杆组，每组探测杆均配置有贯入数据检测机构，各组探测杆可顺次工作；所述控制系统包括水上控制单元及水下控制系统：数据采集单元：用于采集各组探测杆的贯入数据；控制信号生成单元：基于第一组探测杆的贯入数据，生成第一组探测杆贯入指标信息，将贯入指标与预设的贯入指标阈值比较，并在贯入指标大于或小于阈值时，生成第二组探测杆的伸出信号。本发明提供的海底探测系统，具有多工作模式，可在探测装置沉入水底后，启动自主工作模式，探测装置根据根据探测杆贯入速度或贯入阻力，生成探测杆组的综合控制信号，根据海底环境自动执行探测任务的深海探测系统。