本发明提供一种水下原位荧光成像探测仪，由耐压外壳、扫描光学探测系统和供电与数据传输系统组成；耐压外壳上设有的两个通孔内分别安装有柱面透镜和收集透镜；扫描光学探测系统由激发光源组件、扫描组件和成像探测组件组成；激发光源组件由激发光源、激发滤光片、准直透镜和柱面透镜组成；激发光源和柱面透镜分别放置在准直透镜两个焦点上，使激发光源组件产生线型激发光束；扫描组件控制激发光源组件沿固定轴线旋转，进行扇形扫描，使激发光源组件产生的线型激发光束扫描为面；成像探测组件由收集透镜、快门、发射滤光片和检测CMOS组成，快门放置在收集透镜的焦点处，检测CMOS与快门之间设有距离，使入射的荧光信号尽可能多的覆盖检测CMOS的感光芯片。