本实用新型公开了一种小型荧光倒置显微成像系统，包括：明场光源、聚光镜、载玻片、物镜、荧光模块、反射镜以及相机；物镜包括可分别切换设置到该成像系统的光路中的高倍物镜和低倍物镜，荧光模块包括荧光LED、准直镜、激发光滤光片、二向色镜和荧光滤光片。本实用新型与现有技术相比，其不仅缩小了体积，降低了成本，更为重要的是，还能实现对不同种类混合在一起的染色细胞使用一套系统就能在不同荧光模块与物镜的组合下进行分类观察，从而简化了混合细胞的分类检测程序，扩展了荧光显微成像系统在使用上的多变性。本实用新型利用丝杆、高精度步进电机结构，大大降低了成本，降低了安装难度。使用物镜直线切换调焦结构，可提高切换速度。