本实用新型公开了一种倒置荧光显微镜，涉及显微镜技术领域，包括底座，所述底座的侧壁开设有凹槽，所述凹槽的侧壁固定连接有外镜，所述外镜的内壁滑动连接有目镜，所述凹槽的内部设置有滑动机构，所述滑动机构的上方设置有密封机构，所述密封机构的下方设置有固定机构。它能够通过凹槽、目镜、滑动机构、密封机构和固定机构之间的配合，滑动机构能够使目镜移动，进而收缩在外镜的内部，此时密封机构能够关闭凹槽，进而对目镜进行保护，同时固定机构能够对密封机构进行固定，使密封机构在不用的时候不会打开，进而解决了目前的倒置荧光显微镜无法将目镜收纳起来，进而使目镜长期暴露在空气中，进而吸附灰尘，影响目镜使用效果的问题。