本实用新型的实施方式涉及一种光学仪器，特别涉及一种显微镜及显微镜集成荧光成像装置，该显微镜包括：壳体、设置于壳体内的显微镜头、转盘、驱动装置和滤光片；壳体包括：顶板、围板，围板远离顶板的一侧为开口侧，而顶板相对于开口侧的一侧设有CCD；显微镜头与CCD同轴；转盘与显微镜头的像侧相对，转盘绕盘心开设若干个透光孔，任意透光孔用于在转盘旋转一预设角度时，均与显微镜头处于同一轴线，滤光片安装于任意透光孔内；驱动装置与转盘连接。同现有技术相比，医护人员从成像装置上可清晰获得病灶部位和非病灶部位的图像，并可根据图像进行显微镜手术，进一步降低了手术的难度。