本申请公开了一种原位荧光光谱测量系统，属于水质检测技术领域，包括原位荧光检测装置和远程服务器；原位荧光检测装置包括流通池，待检测水的注入管路，光源模块，用于检测流通池中的水经过激发光照射后发出的荧光的检测器，接收并处理检测器输出的模拟信号的信号放大输出模块，接收并转化信号放大输出模块输出的放大模拟信号的集成化控制模块，和第一通讯模块；远程服务器包括第二通讯模块，控制模块，接收并分析控制模块输出的模拟信号的信号处理模块，和人机界面。此原位荧光光谱测量系统能够实时获得不同取样点的检测数据，检测效率高，并且便于工作人员对不同取样点的数据进行对比分析。