本发明公开了一种荧光检测系统，在照射至一待测物的一光传输路径上提供可选择的一激发光，包含：一驱动模块、一光源模块、一第一光学模块及一第二光学模块，所述驱动模块包括相互平行的一第一轴杆及一第二轴杆，所述光源模块固定在所述第一轴杆，所述第一光学模块及所述第二光学模块固定在所述第二轴杆，所述驱动模块藉由一驱动动作可同时转动所述光源模块、所述第一光学模块及所述第二光学模块，以在所述光传输路径上藉由机构的设计快速地设定出对应所述待测物的光源、滤镜及分光模块的一组合，也减少检测系统的体积与降低了成本。