本实用新型公开了一种PCR荧光检测系统，包括：检测单元主体、光学激发单元以及荧光检测单元，检测单元主体包括样品检测池，样品检测池内开设有若干样品管；光学激发单元包括具有若干通道的安装架，每个通道沿光路的传递方向依次设有光源、第一窄带滤光片以及若干发射光纤；荧光检测单元，沿光路的传递方向依次设有若干接收光纤和若干检测镜筒，每个检测镜筒内设有一接收器；每个光源与发射光纤一对多连接，每根发射光纤与样品管一一对应连接，每个接收器与接收光纤一对多连接，每根接收光纤与样品管一一对应连接，每个样品管的一端与发射光纤连接，另一端与接收光纤连接，本实用新型的PCR荧光检测系统光路紧凑、简单，检测更加灵敏且准确性高。