本申请公开了一种荧光检测系统，涉及荧光检测领域。本申请所提供的荧光检测系统，包括：激发光源、透镜、用于放置样品的待检区域、荧光成像系统，还包括：平面反射装置；激发光源、透镜、平面反射装置、荧光成像系统、待检区域依次放置，且共光轴；平面反射装置关于光轴对称放置；待检区域接收平面反射装置反射的光来激发待检区域放置的样品产生荧光；荧光成像系统通过荧光对待检区域放置的样品进行荧光成像。该系统中，平面反射装置关于光轴对称放置，将激发光源发出的光束分为多束关于光轴对称分布的光路，并将光反射至待检区域，从而在待检区域形成均匀的光斑，解决了传统的离轴倾斜照明光照不均匀的问题，提高了荧光检测的准确性。