本实用新型公开了便携式PCR实时荧光检测系统，包括激光光学系统、荧光检测光学系统、温度循环系统、及控制系统，温度循环系统温控装置、及设置在温控装置上的一个反应池；激光光学系统包括沿光路传输方向依次设置的LED光源、发光系统四色滤光片、第一聚焦透镜、及第二聚焦透镜，激光光学系统与反应池之间设有发射光纤，第二聚焦透镜的出射光经所述发射光纤传输至反应池；荧光检测光学系统包括沿光路传输方向依次设置的分束透镜、采光系统四色滤光片、第三聚焦透镜、及光学检测元件，荧光检测光学系统与反应池之间设有接收光纤。本实用新型提供的便携式PCR实时荧光检测系统，体积小，方便携带。