本申请公开了荧光检测系统，包括一个或多个光学模组、光线传输装置、一个或多个样品存储器以及驱动装置。所述光学模组包括相匹配的光源与荧光检测装置，所述光线传输装置包括一个或多个光线传输件，所述样品存储器由透明的塑料或玻璃材料组成，所述驱动装置包含电机及传动部件。所述光线传输件的一端与光学模组相匹配，另一端与样品存储器相匹配。通过设置若干相匹配的荧光检测装置与光源，确保可以发出不同波长的光以及检测不同类型的物质，再通过驱动装置驱动光学模组和/或样品存储器和/或光线传输件移动，实现同时对若干样品存储器中的待测物进行多类型的物质检测。