本实用新型公开了一种发酵菌肥菌种配比装置，其包括机架，机架上装有菌种投放箱，菌种投放箱内设有至少一个固体菌种室和至少一个液体菌种室，固体菌种室的底部装有出料螺旋，液体菌种室的出料口上装有出料流量阀，菌种投放箱上设有分别通过管路与出料螺旋和出料流量阀连接的菌种混合室，菌种混合室的输出管路上连接有计量泵。本实用新型可以严格控制固体菌种和液体菌种的量，并使其充分混合再定量输送到固体菌肥发酵仓和液体菌肥发酵仓内，从而保证粪便发酵彻底，具有菌种配比合理、配比速度快和效率高的优点。