本实用新型公开了一种菌种发酵系统，包括有：发酵罐，设置有入料口和出料口、且罐腔内设置有搅拌装置；具有混合腔的加料箱，混合腔呈凹腔结构，以容纳水、菌粉和培养基，混合腔的底壁上分布有多个贯通孔，多个贯通孔形成供混合液流出的供料口，供料口通过供液管道与发酵罐的入料口连通且供液管道上设置有第一增压泵；注水管道系统，设置有与水源连通的第一注水管和与第一注水管的出水端连通且用于向混合腔内喷淋水的喷淋头，喷淋头的出水端与混合腔的底壁相对且保持间距，第一注水管上设置有用于导通或截止的第一注水阀门；用于为发酵罐的罐腔内部供热的供热装置。该发酵系统可以实现菌粉、培养基与水的均匀混合，防止部分物质结块的问题。