本实用新型公开了一种自动填料的菌种发酵罐，包括罐体和料斗；罐体：其下端开口处设置有出料管，罐体的下表面通过法兰安装有第一电机，第一电机的输出轴上端设置有搅拌轴，搅拌轴的下端通过密封轴承与罐体下表面中心处的通孔转动连接，搅拌轴的中部对称设置有搅拌架；料斗：设置于罐体上表面中心处的开口处，料斗的上端设置有安装架，安装架的中部设置有套筒，套筒的内部插接有与料斗配合的上料机构；其中：还包括控制开关组，所述控制开关组设置于罐体的外侧面，控制开关组的输入端电连接外部电源，该自动填料的菌种发酵罐，能够实现自动填料，在填料完成后能够对内部自动进行密封，使用更加方便。