本实用新型公开了一种冻干机箱体冷却系统，包括冻干机箱体，该冻干机箱体内设有柱形冻干仓，所述柱形冻干仓的壁面内设有冷却水道，所述柱形冻干仓的底面上封盖有第一锥形盖帽，该第一锥形盖帽的壁面内设有分水道，该分水道的一端与冷却水道位于柱形冻干仓底面上的通口相接，所述柱形冻干仓的顶端面上封盖有第二锥形盖帽，该第二锥形盖帽内设有抽真空气道，该抽真空气道的一端与冷却水道位于柱形冻干仓顶壁面上的通口相接，所述柱形冻干仓的壁面上插接有循环管，该循环管与冷却水道相通，所述循环管上设有第二控制阀；本实用新型提出的这种冻干机箱体冷却系统，能够在箱体加热后迅速降温，有效提高冻干机的运行效率。