本实用新型公开了一种河道走航式采样无人船，包括船体，通讯单元、导航单元、控制单元以及动力单元，所述船体的底部具有向所述船体内部凹设的缺口部，所述缺口部内可转动地设置有一转轴，所述转轴上设置有摆臂，所述摆臂的一端设置有取水接头，所述船体上设置有样品箱，所述河道走航式采样无人船还包括水泵，以及驱动装置。本实用新型提供的河道走航式采样无人船可以选择性的通过驱动所述转轴带动所述摆臂摆动使所述取水接头位于水面以下的不同深度位置，例如可以是50至100厘米的通用取样深度。同时，在取样的间歇期转动所述转动带动所述摆臂摆动使所述取水接头位于船体内的水面以上，防止在无人船航行时摆臂与水下障碍物发生碰撞、卡死。