本实用新型公开了一种色谱分离纯化装置，涉及物质分离纯化技术领域，包括横截面为矩形的主体，所述主体的内部上侧设置有原料箱，且主体的内部左上侧设置有进液筒，所述主体的内部下侧设置有储存箱，且主体的内部中间设置有第一色谱柱，所述第一色谱柱的右方设置有第二色谱柱，所述第二色谱柱的右方设置有第三色谱柱。本实用新型设计新颖，通过第一色谱柱、第二色谱柱和第三色谱柱将原料进行三级分离纯化，增加了纯化效果，第一气缸通过连接轴带动压缩盘将进液筒内的原料输送至第一色谱柱内，增加了分离纯化的速度，通过泵做功将未符合指标的分离纯化液体输送至原料箱内，以便继续进行分离纯化，直至达到指标，增加了纯化效果。