本实用新型公开了一种新型高通量蛋白纯化装置，包括装置本体，装置本体的底部设置底座，所述底座的上方设有支架，支架与底座之间固定连接，所述支架上安装有托盘，所述托盘上放置7个15ml或50ml纯化管。本实用新型将托盘通过固定旋钮固定在支架的任意区域，支架上可以固定2个或以上的托盘，管架处可正好放置15ml或50ml纯化管，每个托盘中有个管架，该装置可每次纯化14个以上的样品，并且托盘可左右旋转，适应各层独立操作，可以为相关企业节省成本，节省时间和操作空间，进一步提高纯化效率，加快抗体药物及免疫诊断的研发生产过程，解决了每次只能纯化一个蛋白。当样品量大时，需要不断重复纯化过程的问题。