本实用新型公开了一种高通量蛋白纯化装置，包括装置底板、第一桶体以及第二桶体，所述装置底板、第一桶体以及第二桶体自下而上依次设置，且第一桶体外缘面的底端设置有定位环，所述定位环的底部呈环形阵列设置有调节螺杆，且装置底板的上端面设置有与定位环配合的调节螺管，所述第一桶体和第二桶体内分别开设有第一空腔和第二空腔，且第二空腔内居中设置有第二定位柱，所述第二桶体内设置有套接于第二定位柱外的升降盘，且升降盘上设置有多组砝码，所述第二空腔内壁的底部设置有与第二定位柱的底端焊接固定的固定柱。该高通量蛋白纯化装置，便于控制蛋白纯化速度，且便于配合多种高度的接收容器，具有较强的实用价值。