本实用新型公开了一种柔性自动加工单元，包括第一数控机床、第二数控机床、关节机器人、自动仓储结构、检测单元、物料备件及操作区、控制器和上位机，关节机器人的安装底板为长方形结构，第一数控机床和第二数控机床设置有关节机器人的对称侧边上，自动仓储结构处于关节机器人的侧边上，控制器设置在自动仓储结构的侧部且上位机处于控制器的侧部上，物料备件及操作区设置在自动仓储结构的侧部且物料备件及操作区与控制器设置在自动仓储结构的对称侧部上，控制器与关节机器人相连接。本实用新型的结构设置合理，减少了人工的操作强度，也可以大大提高生产效率，有利于提高产品的精度与一致性，使用稳定可靠，适用性强且实用性好。