本实用新型公开了一种自动搔菌装置，属于菌瓶培养食用菌生产装置领域；其装置包括升降旋转结构，搔菌结构和灭菌结构；所述搔菌结构包括搔菌刀和搔菌刀底座；所述搔菌刀包括旋头，旋叶，转轴，弹性部件，传动部件；所述旋叶由弹性材料制成，包括与转轴相连的曲臂部分和垂直于转轴的部分；当旋头受到压力后，通过弹性部件和传动部件作用使旋叶向远离转轴的方向展开；所述灭菌结构位于升降旋转结构的正上方，与卡盘圆孔位置相对应；本实用新型设置的新型搔菌刀在工作时旋叶将展开与瓶壁接触，解决以往瓶壁上老菌无法清除的问题；通过将灭菌结构设置在升降旋转结构的正上方，使搔菌和消毒能同时进行，提高了生产效率。