本实用新型涉及一种新型封口的菌种瓶，包括瓶体和瓶盖，所述瓶盖设置在瓶体的瓶口处，所述瓶盖包含上宽下窄的塞柱，所述塞柱的中心位置设置有连通其顶端的柱状通孔，所述柱状通孔内设置有棉花；所述柱状通孔的末端按等角度径向分布有连通到塞柱侧壁的透气孔；所述塞柱在设置透气孔的截面直径小于瓶体内径。本实用新型的菌种瓶克服了传统菌种瓶密封性能差、易污染、菌种呼吸不畅等缺点，既保证了良好的密封性，又能保证菌种的正常呼吸，提高菌种培育质量，提高经济效益。