本实用新型涉及一种电磁泵控制系统，包括过零检测电路、控制装置和输出控制电路，所述控制装置分别与所述过零检测电路和所述输出控制电路电连接，所述过零检测电路包括隔离器，所述隔离器的输入端与交流电源电连接，所述隔离器的输出端与所述控制装置电连接，所述隔离器用于隔离干扰信号，所述输出控制电路与电磁泵电连接。本实用新型的过零检测电路中采用隔离器隔离环境中的干扰信号，能够提高采集到的过零信号的精度，降低噪声信号，从而提高整个控制系统的稳定性和控制精度。