本实用新型公开了一种钥匙编程器，包括外壳、第一电路板及第二电路板，外壳的顶面设有第一槽组及第二槽组，第一槽组包括钥匙槽及钥匙芯片槽，第二槽组包括EEPROM收容槽、第一排针槽及第二排针槽；第一电路板设在外壳内；第一电路板的一端设有USB接口及电源接口，另一端设有通信接口；第二电路板设在外壳内且位于第一电路板的上方并与第一电路板电连接；第二电路板的一端设有线圈单元，线圈单元位于第一槽组的下方，另一端设有锁紧座、第一排针及第二排针；锁紧座位于EEPROM收容槽，第一排针位于第一排针槽内，第二排针位于第二排针槽内。根据本实用新型的钥匙编程器，第一电路板和第二电路板层叠方式，体积小，结构紧凑，能满足轻便化和小型化的要求。