本实用新型公开了一种专用于医疗器械灭菌的压力蒸汽灭菌器，包括有箱体，所述箱体内通过隔层分隔为灭菌室和控制室，所述控制室内设置有控制器和管路系统，所述管路系统与控制器电性连接；所述箱体上设置有密封门，所述密封门与灭菌室适配，所述灭菌室内设置有置物架；所述管路系统包括有蒸汽管路单元和抽真空管路单元，所述抽真空管路单元包括有管道，所述管道上依次设置有大冷凝器、节流器、小冷凝器、水汽分离器和真空泵。本实用新型通过大冷凝器、节流器和小冷凝器的设计，提高了灭菌器的冷却和干燥效果；在冷凝器和真空泵之间设置有水汽分离器，水汽分离器可以将经冷凝后的液态水去除，有效保护真空泵，提高真空泵的使用寿命。