本实用新型涉及农产品深加工技术领域，尤其为一种深度净化农产品深加工污水的系统，包括过滤箱，所述过滤箱的右侧从左至右依次设有离心泵、旋流器、厌氧池和好氧池；该深度净化农产品深加工污水的系统通过设有的过滤箱，使得污水可以进行初级过滤，去除污水内的较大杂物，设有的旋流器可以将污水内的沉积物进行分离，设有的厌氧池使得污水可以在厌氧的环境下降解有机物，设有的好氧池使得污水可以在生物填料的作用下分解有机物，该设计简单易操作，具有较好的实用性，大量分解了污水中的有机物含量，利于保护环境，解决了深度净化农产品深加工污水控制污水有机物排放迫在眉睫的问题。