本实用新型公开了一种丛枝菌根孢子筛选装置，包括筛架，筛盘，顶盘；其特征是所述筛架上层叠的设有至少一个筛盘，且不同的筛盘拥有不同的目数，筛子目数由上至下不断增大；所述筛盘上方的筛架上固定有顶盘；所述筛架包括底板，底盘，支杆；所述底板上垂直的固定有支杆，支杆为中空管状结构，在支杆旁侧的底板上设有底盘，底盘内设有水泵，水泵的出水管伸出至底盘外，并出水管的末端延伸至支杆的顶端；所述筛盘包括筛框，筛网；筛框为无顶无底的环装结构，在筛框内设有筛网。该装置可代替人力反复的过筛，提升了过筛效率；而且还能够根据不同的过滤要求，改变不同的目数筛子进行组合使用，以使其能够帅选不同土质内的孢子。