本发明公开了一种丛枝菌根真菌制备装置及其制备方法，涉及丛枝菌根真菌制备相关领域，为解决目前没有完整的制备进行制备，制备过程中需要人工多次参与，难以大规模进行丛枝菌根真菌菌剂生产的问题。所述支撑底板的下端设置有支撑横杆，所述支撑底板上端的四角位置设置有支撑杆，所述支撑杆的上端设置有支撑顶板，所述支撑顶板上端的中间设置有上固定箱体，所述支撑底板上端的一侧设置有放置台，所述支撑底板上端的中间设置有清洗单元，所述支撑底板上端的另一侧设置有切割制备单元，所述上固定箱体的一侧安装有第一驱动电机，所述上固定箱体的内部沿第一驱动电机输出轴端安装有第一驱动丝杆。