本实用新型公开了一种医疗废水深度处理系统，属于废水处理技术领域，一种医疗废水深度处理系统，进水管固定连通在第一池体的左侧壁的上方，进料组固定连通在第一池体的左侧壁，且进料组位于进水管的上方，连接管的左端固定连通在第一池体的右侧壁的下方，连接管的右端固定连通在第二池体的左侧壁的上方，出水管固定连通在第二池体的右侧壁的下方，板竖直固定在第一池体内底部，搅拌组固定在第一池体的顶部，搅拌组的一部分穿过第一池体的顶壁延伸至第一池体的内部，且分别位于隔板的左右两侧，紫外线灯组固定在第二池体的内部。本实用新型的医疗废水深度处理系统，通过双重消毒处理，消毒彻底，达标排放。