本实用新型涉及一种液态厌氧发酵自动除壳式有机肥制备及应用系统，包括第一处理仓，第一处理仓与若干个第二处理仓相连接，第二处理仓与混合室相连接，混合室与存液池相连接，第一处理仓顶部设有第一顶部平流口与第二处理仓相联通，第一处理仓通过第一导流管与第二处理仓相联通；两个相邻的第二处理仓顶部设有第二顶部平流口，两个相邻的第二处理仓中部通过第二导流管相联通；混合室顶部设有导气管和第三管道。本实用新型的有益效果为：对有机物进行厌氧发酵深度处理，实现了渣肥、液肥、沼气的集中归置处理和收集，整个过程用封闭方式，不产生臭气，不污染环境，自动除壳，设备后期维护费用低，肥料处理彻底，肥效好。