本发明涉及一种核壳型磁性纳米微球及其制备方法和应用。更具体地，本发明的核壳型磁性纳米微球中密封的磁性纳米颗粒上同时修饰有至少一种荧光量子点和至少一种荧光染料，其不仅避免了现有技术中同时融合两种以上荧光染料物质时难以避免的信号干扰问题，也克服了现有技术中荧光磁性纳米复合微球因荧光染料的易淬灭性导致的不稳定问题，确保了应用磁性纳米荧光微球进行定量检测的精确度，同时能够增强磁性纳米微球在应用期间的结构稳定性，具备广泛应用于体外检测和诊断、细胞分离等领域的潜力。