本发明提供了一种功能化磁性微球的制备方法，包括以下步骤：A)将有机固体微球和无机磁性固体颗粒混合，得到固体分散相；B)将所述固体分散相进行研磨，得到磁性固体颗粒附着在有机固体微球表面的复合磁性微球；C)将所述复合磁性微球加热后再依次包覆和表面修饰，得到功能化磁性微球。本发明制备方法简便，易控制，适宜规模化生产；成球过程中无需消耗溶剂，降低生产成本；由本方法制备的功能化磁性微球分散性好，稳定性高，可以批量生产性价比高的功能化磁性微球，并有效推动磁性微球载体在生物分离纯化以及分析检测中的应用。