本发明公开了一种基于荧光能量转移的荧光编码微球及其制备方法。以碳点为能量给体，罗丹明6G用作能量受体，将两者引入到表面带有磺酸基的聚苯乙烯‑二乙烯基苯微球，得到编码荧光微球，在其表面制备三聚氰胺‑甲醛树脂保护层后，再采用硅烷化偶联反应对荧光微球进行官能化修饰。本发明通过调控碳点与罗丹明6G之间的能量转移程度，可应用于对微球的编码；同时利用碳点材料的发射光具有激发波长依赖性，使制备得到的荧光编码微球适用于不同的激发波长激发，可提高荧光微球的适用性。本发明提供的荧光编码微球具有优异的信号稳定性，适用于流式细胞仪的不同激光器与信号探测器，可应用于生物检测、医学诊断等领域。