本实用新型公开了一种干细胞分离装置，属于细胞提取技术领域；一种干细胞分离装置，包括分离罐，第二挡板顶部连接有混合筒，壳体内部连接有往复驱动机构，转轴置于分离罐顶部内壁与第一挡板顶壁之间的杆壁上连接有卷刀，转轴置于混合筒内部的杆壁上连接有搅拌叶，第二进料管、第三进料管与第一出液管置于混合筒内部的一端等距设置在混合筒顶部内壁上，第二挡板底部连接有堵塞组件，分离罐靠近底部的侧壁上连接有第二出液管；本实用新型通过卷刀转动将组织原液绞碎进行预处理，之后通过第二进料管、第三进料管和第一出液管分别将水、反应酶和组织原液注入混合筒内被搅拌叶搅拌混合反应，使反应更加彻底从而提高干细胞的分离效率。