本实用新型公开了一种干细胞分离装置，包括分离管和小型电机，所述分离管上端开口，下端密封设置，分离筒内部设有一活塞，活塞表面的中心处嵌入式粘连一固定块，固定块的表面上焊接固定安装一第一固定环，分离管上端的开口中设有第一密封塞，第一密封塞表面的中心处设有一轴孔，小型电机通过螺栓固定于第一密封塞上，小型电机的转轴穿过轴孔延伸至分离管内部，并焊接固定安装一第二固定环，分离管内部设有一过滤袋。本实用新型结构简单，使用方便，体积小，方便携带，能在密封的环境中进行分离，且能快速的取出分离管内壁上的残留物，增加了安全性，同时能将组织块截住，方便了清洗。