本实用新型涉及一种干细胞分离装置，其包括外壳、分离器、清洗器，其中，分离器内形成有分离室，清洗器内形成有清洗液储存室，外壳与分离器、清洗器之间形成有排出液储存室。将该装置配合离心机使用进行干细胞分离时，在离心作用下，分离室即可完成对相应混合液的分层和废液排出，从而分离出干细胞液。在离心作用下，清洗器内的清洗液流至分离室中，对分离室中的干细胞液进行多次清洗，并将清洗后的含胶原酶的清洗液排出至排出液储存室。在使用该干细胞分离装置时，只需将清洗液和脂肪组织混合液分别注入到清洗器和分离器中，然后将其放入离心机中即可，无需多次手动取液加液，操作简单方便。而且由于无需多次手动取液加液，可以避免干细胞液受损伤和污染。