本实用新型公开了一种间充质干细胞过滤分离器，通过密封门对开口进行密封，通过安装座、安装槽、滑块和滑槽的配合，将过滤分离器固定安装在安装槽中，通过支撑装置将血袋悬置在瓶塞穿刺器上方，通过凹槽安装瓶塞穿刺器，通过瓶塞穿刺器贯穿血袋，便于将血袋内的血浆引出，通过第一输液管将瓶塞穿刺器与过滤分离器的进液端连通，通过支撑板承托收集袋，通过收集袋对过滤后的干细胞进行收集储存，通过第二输液管将收集袋与过滤分离器的出液端连通，通过杀菌装置对外壳内部进行杀菌，此装置使干细胞的过滤分离位于无菌的外壳中，防止细菌污染干细胞，从而提高干细胞的使用率，为医用研究提供便利。