本实用新型公开了一种应用细胞过滤分离器的间充质干细胞分离装置，包括装置本体，所述装置本体内壁两端均开设有限定槽，顶端的所述限定槽内壁设有第一过滤板，底端的所述限定槽内壁设有第二过滤板，所述第一过滤板和第二过滤板外侧设有加速分离机构。本实用新型通过第一过滤板和第二过滤板的设置，两个过滤板可以对原料进行二次过滤，使得原料中体积不同的部分可以分别存留在第一过滤板和第二过滤板表面，同时伺服电机工作使得搅拌杆可以对原料进行搅拌，使得原料混合更加的充分，同时转动轴转动可以带动两个转动齿轮发生转动，使得两个过滤板也随之转动，可以避免原料对过滤板造成堵塞，进而可以提高干细胞的分离效率。