本实用新型涉及细胞分离技术领域，公开了一种间充质干细胞过滤分离器，包括罐体，所述罐体的上端铰接有顶盖，所述顶盖的上端固定连接有把手，所述罐体右侧的中间位置铰接有侧盖，且罐体前侧的中间位置固定安装有控制面板,所述罐体的底端内壁处固定安装有过滤网罩，所述罐体的内部开设有对应侧盖的空腔，且空腔的内部设置有储水箱，所述储水箱上端的中间位置设置有电源盒，所述电源盒的上端固定安装有电机，所述电机的输出端通过联轴器固定连接有转轴。通过抽水泵将储水箱内部的生理盐水输送到过滤网罩，以此来对间充质干细胞和组织块进行浸泡，从而可以对间充质干细胞进行保护，防止其受到外界的污染。