本实用新型公开了一种胚胎干细胞分离器，涉及分离技术领域，包括壳体，所述壳体的上端侧壁转动连接有盖板，所述壳体的侧壁开设有固定槽，所述盖板的侧壁固定连接锁扣机构，所述锁扣机构的侧壁与固定槽的侧壁相抵，所述壳体的下端侧壁开设有电机槽，所述电机槽的侧壁固定安装有驱动电机，通过驱动电机、转轴、卡位板、卡槽、限位槽、限位块之间的配合使用，可使整个分离机构高速转动，以此产生一定的离心力，在离心力的作用下，实现了对分离机构中干细胞的均匀分离，避免了传统分离方式中采用电机驱动搅拌轴及搅拌叶片进行均匀分离，而对细胞造成损伤的情况发生。