本实用新型公开了一种马铃薯淀粉废水处理系统，涉及马铃薯废水处理技术领域，其包括蛋白质分离模块和废水处理模块；所述蛋白质分离模块包括一级卧式离心机、二级卧式离心机和加热罐，一级卧式离心机的入口端连接有废水管道，用于向一级卧式离心机内输入马铃薯淀粉废水，一级卧式离心机的出口端与换热器连接，所述换热器与加热罐连接，加热罐的出口通过暂存罐与二级卧式离心机连接，本实用新型的有益效果是：可以先对马铃薯淀粉废水中大分子蛋白进行有效的提取，得到的蛋白质产物可以作为饲料等，而剩余的废水也可以得到有效地处理，即减少了后续废水处理的压力，也可以增加淀粉生产的附加值，提高经济效益。