本实用新型提出了一种电子内窥镜系统，包括主机和内窥镜，该电子内窥镜系统还包括控制器、送水检测系统和送气检测系统；内窥镜镜体前端设有送水送气口、气压传感器和湿度传感器，主机包括与镜体送水送气口连接的送水、送气和排吸系统。当被检查的器官中存在大量异物时，控制器控制送水检测系统自动送水，对镜体所对的器官处进行冲洗，冲洗完成之后，自动关闭送水开关；当需排出污水时，控制器控制排吸系统自动从体腔中抽水。当体腔内的压强低于最小阈值时，控制器控制送气检测系统自动送气，向体腔中充气，直至体腔内的压强达到最大阈值时，控制器控制送气检测系统停止送气，从而使体腔内的压强始终处于最小阈值和最大阈值之间。