本实用新型公开了一种真空冷冻干燥机的板层导向杆，包括沿该板层导向杆的轴向依次设置冻干段和进出料段，冻干段与进出料段连接，并且冻干段的直径小于进出料段的直径；进出料段用于与真空冷冻干燥机的板层的导向孔紧密贴合。该板层导向杆在应用过程中，真空冷冻干燥时板层与直径较小的冻干段配合，避免接触，防止板层释放应力时引起板层导向杆变形；进出料时板层与直径较大的进出料段紧密配合，限制板层的自由度，防止板层扭转并与进出料平台准确对接。本实用新型还公开一种真空冷冻干燥机，其应用了上述板层导向杆，既避免板层导向杆变形，又避免板层进出料时发生扭转，保证板层与进出料平台准确对接。