本实用新型公开了一种具有双保护系统的多燃料发电机组，包括发电机组、保护模块和控制开关，所述控制开关用于在切换燃料时给保护模块提供切换信号，当保护模块未收到切换信号时，保护模块的额定输出功率保护阈值为第一预设值，当保护模块收到切换信号时，保护模块的额定输出功率保护阈值为第二预设值，当发电机组的输出功率大于第一预设值或第二预设值时，所述保护模块切断对输出接口的功率输出。本实用新型中，设置有保护模块和控制开关，在切换燃料的同时对发电机组的额定输出功率保护阈值进行切换，从而使发电机组的额定输出功率保护阈值始终与使用的燃料相适应，减少不必要的停机，结构简单，使用方便，实用性强。