本实用新型提供一种具备低温启动保护的燃料电池系统，包括：电堆；保温装置，固定于氢气循环泵，用于对氢气循环泵进行加热；温度传感器，用于对空气支路的温度、及氢气循环泵的温度进行监测；控制器，与保温装置、及温度传感器均构成电连接，用于接收并响应温度传感器上传的温度信息，以控制保温装置的启闭。在氢气循环泵外部安装一个保温装置，以解决在低温下冷启动时氢气循环泵结冰导致无法正常运行的问题、以及在低温下电堆运行时由于氢气循环泵内部温度较低导致结冰无法正常运行的问题，从而保护氢气循环泵，以防止出现结冰被冻住故障等问题，可以有效的提高氢气利用率和保护电堆性能。