本实用新型公开了一种三磷酸腺苷合成用搅拌器定位机构，包括转轴，转轴的两侧均固定设有多个外壳，外壳的一侧设有搅拌机构，外壳的内部设有缓冲机构，搅拌机构包括滑杆，滑杆与外壳的一侧活动穿插连接，滑杆的两端均固定连接有挡板，其中一个挡板的一端固定连接有搅拌杆，搅拌杆的一端设有转动组件，缓冲机构包括传动箱，传动箱的一端嵌设于转轴的外壁，传动箱的另一端活动卡接有导杆，导杆的一端固定连接有第一弹簧，第一弹簧的一端与传动箱的箱壁固定连接。本实用新型一种三磷酸腺苷合成用搅拌器定位机构，通过缓冲机构对搅拌杆起到定位缓冲的作用，保证搅拌杆工作时的稳定性，防止搅拌杆受到的搅拌力过大发生晃动导致折断。