本实用新型公开了一种燃料电池发动机系统总成，包括支撑框架、封装箱、电堆组件、空气进气总成、氢气进气总成、水系统总成，所述支撑框架底部设有吊装耳，支撑框架将封装箱、空气进气总成、氢气进气总成、水系统总成分为多层，所述封装箱固设于支撑框架顶层，封装箱内设有电堆组件，封装箱侧壁开设有孔，所述空气进气总成、氢气进气总成、水系统总成位于封装箱下方，固设于支撑框架上，并分别与电堆组件连接。整个燃料电池发动系统外部零部件的合理化布局、系统结构件强度的合理设计、系统空气、氢气、水、电等多相流的合理分配以及发动机系统外部辅助部件的合理布局，使得车辆能够稳定可靠的运行，提高了新能源的利用效率。