本实用新型公开了一种微流控样品处理设备的托盘装置，包括底板及固定设置于所述底板上的上板，所述上板包括左右延伸部及多个自所述左右延伸部向前延伸的前后延伸部，多个所述前后延伸部沿左右方向并列且间隔地设置，任意相邻两个前后延伸部之间分别形成有一个前侧及上侧开放的用于安装试剂盒的安装槽。该托盘装置能够配合微流控样品处理设备使用，以实现对微流控样品的自动化处理，结构设置紧凑，安装方便。